Przepisy ustawy w żaden sposób nie regulują zmiany treści procedury zgłoszeń wewnętrznych oraz możliwości jej uchylenia. Nie należy mieć wątpliwości, że zmiana procedury jest możliwa, a często będzie wręcz działaniem koniecznym (np. dostosowanie procedury do brzmienia ustawy). Większe problemy interpretacyjne można mieć w zakresie możliwości uchylenia procedury i skutków takiego działania.
Zmiana procedury powinna nastąpić w dokładnie takim samym trybie, w jakim następuje jej ustalenie. Konieczne będzie więc dokonanie konsultacji zmian z organizacjami związkowymi lub przedstawicielami osób świadczących pracę. Zmiana wchodzi w życie po upływie 7 dni od dnia podania jej do wiadomości osób wykonujących pracę w sposób przyjęty w podmiocie prawnym. W przypadku zmiany treści procedury, działania następcze podejmowane przez zakładowe organy ochrony prawa powinny być kontynuowane na zasadach wynikających z nowego jej brzmienia.
Jeśli chodzi o uchylenie procedury, należy pamiętać, że jest to akt prawny ustalany jednostronnie przez podmiot prawny. Obowiązek konsultacji procedury nie oznacza, że jest ona ustalana wspólnie z organizacjami związkowymi lub przedstawicielami osób świadczących pracę. Z tej perspektywy jednostronne uchylenie procedury uznać należy za dozwolone. W praktyce będzie to najczęściej mieć miejsce w przypadku, gdy stan zatrudnienia w podmiocie prawnym spadnie poniżej progu ustawowego, a także gdy zatrudnienie nigdy nie osiągnęło takiej wartości. Trudno przyjmować, że podmiot, który nie ma ustawowego obowiązku stosować ustawy, ma być zobowiązany do utrzymania procedury, która została ustalona w trakcie gdy spełniał on ustawowe wymogi lub w momencie ustalania procedury działał on w trybie fakultatywnym. W takim przypadku uchylenie procedury nie będzie wymagać konsultacji. Zdaje się, że w sytuacji definitywnego uchylenia procedury brak innej możliwości niż zamknięcie prowadzonych postępowań, ewentualnie przekazanie za zgodą lub wręcz na wniosek sygnalisty dokonanych ustaleń do innego postępowania lub organu.
Innym przypadkiem jest uchylenie procedury w momencie gdy podmiot prawny ma nadal ustawowy obowiązek jej ustalenia. Także w takiej sytuacji jednostronne uchylenie procedury będzie możliwe, z tym że powinno być ono połączone z ustaleniem nowej procedury, a więc z przeprowadzeniem stosownych konsultacji. Uchylenie procedury bez wydania nowej będzie naruszeniem przepisów ustawy, nawet jeżeli „przerwa” trwała krótko. Należy przyjąć, że w przypadku bezpośredniego ustalenia nowej procedury, działania następcze powinny być kontynuowane w oparciu o treść nowo ustalonego dokumentu.
